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故事大綱:
13年前的一場災難
新西曆1999年，於日本境內大南地區，一處名為傳輸研究中心的機構——擁有專屬Enetron能量儲存槽的新型研究所——在聖誕節
的晚上，研究所主系統無預警地被來歷不明的程式病毒入侵和感染。此程式病毒在獲取龐大的數據資料後，衍生出了自我意識，並且演變成最糟糕的情況——生命體Messiah的出現。
情況緊迫之下，研究所所長（弘的父親）作出了重大的抉擇。為了避免Messiah現象（感染病毒後電腦程式的成長、擴散）藉由網際網路擴散，蔓延到全世界，決定使用物質傳輸裝置將整棟建築物轉移到亞空間，並囑託部下黑木猛（後為特命部的司令官）要將病毒程式shut down。然而，雖然能暫時的渡過危機，但Messiah現象總有一天會從亞空間穿梭回來。同時，困在研究室裡的人員（弘、龍次和陽子的父母親也在其中）也因此生死未卜。
所長想解救身在研究所裡的弘（7歲）、龍次（15歲）和陽子（3歲）。他為避免他們遭受波及，在這三個孩子以及三台工程機器人體內植入能抵抗病毒（meta-virus）的疫苗程式，在研究所將被轉移到亞空間前的千鈞一髮之際將其送出研究所外。由於疫苗程式的關係，三個孩子熬過普通人無法負荷的物質傳送過程，同時得到了特殊的超力量，背負著長大後必須成為Go Busters的特殊任務，卻也同時背負著如同電腦般麻煩的副作用與弱點。三台工程機器人也有了屬於自身的意識，成為「Buddyroid」，也成為三位Go Busters的得力夥伴